CellNote – Validação de um Software


O projeto CellNote tem como objetivo a validação de um software com vista à sua divulgação na comunidade científica. O CellNote é um software cujo desenvolvimento envolveu três instituições (o Instituto de Telecomunicações, a Faculdade de Ciências da Universidade do Porto e o Instituto de Biologia Molecular e Celular) e constitui uma importante ferramenta de análise de imagens microscópicas, não só na área da parasitologia, como também noutras áreas de investigação biomédica.

Ao desenvolver este projeto, propomo-nos avaliar a eficácia do referido software e para tal vamos estabelecer uma comparação entre a contagem de parasitas e das suas células hospedeiras ao microscópio ótico e recorrendo ao software CellNote. Esperamos que os resultados deste estudo venham a servir como argumento a favor da utilização corrente desta ferramenta em investigação científica.

Palavras-chave: CellNote, cultura de tecidos, células infectadas, parasitas, infeção, Neospora, células Vero.

Plano de Investigação e Métodos 
Para desenvolvermos o projeto iremos partir de lamelas contendo preparações definitivas de células fixadas coradas com um corante específico para o ácido desoxirribonucleico (ADN). Essas células, da linha celular Vero, haviam sido previamente infetadas por parasitas protozoários designados por Neospora caninum.

Estas lâminas irão ser utilizadas para contar as células hospedeiras e os parasitas recorrendo a dois métodos distintos:

 o método manual, tradicional de contagem, efetuado diretamente ao microscópio;

 o método que utiliza o software CellNote.

A partir destas contagens iremos calcular dois índices de infeção com relevância na área da parasitologia:

 a percentagem de células Vero infetadas;

 o número médio de parasitas por célula Vero infetada.

Para além disso, iremos ainda registar para cada um dos métodos:

 o tempo total dedicado à contagem;

 o número total de células Vero contadas (quanto maior este número, mais representativa será a amostra contada da população total de células).

Para efetuar a contagem utilizando o programa CellNote, iremos primeiro fotografar as culturas infetadas com uma câmara acoplada a um microscópio ótico composto. As fotografias assim captadas serão depois contadas com o CellNote, usando o botão esquerdo do rato do computador para anotar as células Vero (parasitadas e não parasitadas) e o botão direito do rato para contar os parasitas. As contagens feitas através do CellNote serão depois transferidas automaticamente para uma folha de Excel, onde serão calculados os índices de infeção acima mencionados.

Depois das contagens, iremos calcular a média e desvio padrão dos índices de infeção determinados pelos vários alunos, por um e outro método de contagem. Com este tipo de análise pretende-se avaliar a variabilidade inter-utilizador de cada método. Espera-se que os resultados derivados da contagem com o CellNote tenham um desvio padrão menor do que aquele resultante das contagens manuais, de acordo com a nossa expectativa de que o software permite um maior rigor das contagens.

Para além da variabilidade inter-utilizador, os dois métodos vão ser avaliados no que respeita ao tempo necessário para a contagem e ao número total de células contadas (isto é, a representatividade da amostra conseguida por cada método).

Após interpretação dos resultados poderemos retirar conclusões sobre a fiabilidade deste método de contagem relativamente ao método tradicional.

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